mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTATGGAACGGAGGGAGT TTCCTCCGTTTCTAAATAT ACTTCCTCCGTTTCTAAATATAAGTCTTTTAAGCGATTTCTCTAAAGGACTACATACAAAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAGTATGTCTATATACATCCGTATGTAGTCCTCTAGTGGAATCTCTAAAAAGACTTATATTATGGAACGGAGGGAGT 2 0 3' arm Hordeum_vulgare micropc MIR1122 3e-49 tae-MIR1122 7e-34 -79.1 ((((((((((((((..((((((((((((((.((.((((((.(((.((((((((((((..........(((((......)))))....(((((....)))))....)))))))))))).))).)))))).)).))))))))))))))..)))))))))))))) (-79.10)