mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC ACCAAGCATGAGGCAACAACT GCACCAAGCATGAGGCAACAACTGCAGTACTTGTGGGGAAGGCACAAGTAGGACACCAACATTACCTGCAAGCAAGACGCAAAATTAATAGAACATCACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTCGTGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC 3 0 3' arm Hordeum_vulgare micropc MIR444 6e-81 hvu-MIR444a 6e-59 -70.4 (((.(((((.(((((((.((((((((..(((((..((((((.((((((((((...................((.....))..........(.....).)).)))))))).))))))..)))))..)))))))).))))))).))))).))) (-70.40)