mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCC AGCGTCCTTCAGTCCACTC GAGCGTCCTTCAGTCCACTCATGGGCGGTGCTAGGGTCGAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCACATGCCAAGCAAGAAACGCTTGAGATAGCGAAGCTTAGCAGATGAGTGAATGAAGCGGGAGGTAACGTTCCGATCTCGCGCCGTCTTTGCTTGGACTGAAGGGTGCTCC 4 0 3' arm Oryza_sativa micropc MIR159 5e-94 osa-MIR319b 3e-95 -89.5 ((((..(((((((((((..((.(((((((((..(((((((((((.((.(((..((((((((.((..(((.((((......((((......))))..)))).)))..)).))))))))..))).)).))..))).)))))).))))))))).))..)))))))))))..)))). (-89.50)