mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTACCTCCGTCCCAAAATAT ATTTTGAGACGGAGGGAGTAT TATGCAATGCTACTACCTCCGTCCCAAAATATAACCACTTTTAGCTACGAATCTGGACACGGTTGTCTAGATTCATAGCTAAAAATGCTTACATTTTGAGACGGAGGGAGTATATAGTAGT ACCCCGAATATTCTTNCAAGCTTAGNCCCTGCTGATTTACTTGAGTTTGCTGACTTCTCACTCGACGAACCTGAGNTCNAGCTTGCCATTCTTGAAGGGCTGGAAGGTGATGATTTGGCATGAAGATGGAGGTGGATTGGTGGAAGACTTTCTAGAATCCTAGCTCAATCTGTGAATGGCCTGATGCCACCTTTCCTATCAGGCTGTCACTCGGGTCTACCTTGTCTTTTGGGGAAAGTGGTGTGTTTTGGTTATGTACTTATGTGGCCACTCTGGTAGTATGCAAAACTTTGCAGTATGCAATGCTACTACCTCCGTCCCAAAATATAACCACTTTTAGCTACGAATCTGGACACGGTTGTCTAGATTCATAGCTAAAAATGCTTACATTTTGAGACGGAGGGAGTATATAGTAGTGGTAGTGATGGACTGGTGGTAGACTGGAAGTATGCATGCAAAGCTATGCAATGGCAGGTAGTGGTAATGGTATTATGCAAAGCTATGTGATAAGACTTTGCTATTATATATGCAAATCTGTGGAAACTGGACGGTTTGCTTTTTAAAAAAAAAAG 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-56 osa-MIR1439 0.000000000006 -52 ..(((.(((.((((.((((((((.((((((.(((.((.(((((((((.(((((((((((....))))))))))).))))))))).)).))).)))))).)))))))).))))))).))).. (-52)