mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTACCTCCGTCCCAAAATTA TTTGGGGACGGAGGGAGTAT AACTTTTTACTACTACCTCCGTCCCAAAATTATAACAATTTTTAGCTATGAATCTGGACACACAGTTGTCTATTTTTATAGTTAAAAATGCTTATATTTGGGGACGGAGGGAGTATTTCATGAC GGCCCCCCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGAGCAGCAATTTACTTTCTAGTTTGTGAATAAAAGGTGATAATAAGTTCAGACAAATTGTTGCTACAGCTTAAGCTACTTGCAAACATCTTTTTTCACAGCACGACAGACAGCAAAATTAAATACTAGGACTAACTCTTCCCTCACGTGTTATCGTGTATTAAGTGAGGGAAGAGTTAGTCCTAGTATTTAATACAGATAACAGTGAGACATATAAGCAACAAATGAACTGCTGTTAAGCTTGTCTTTTTATCCGTCCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTAACTGCTCTTTGACAGCCTTCGTGTTGGACAGTGGAAAACTTTTCCTTACCGTAGCAATATTGTTGCTTGCAGGTTTAATTCCTAGGACAAAACTTTTTACTACTACCTCCGTCCCAAAATTATAACAATTTTTAGCTATGAATCTGGACACACAGTTGTCTATTTTTATAGTTAAAAATGCTTATATTTGGGGACGGAGGGAGTATTTCATGACGGGAGAACGATTTCTACCCTAAAATTTACGGATTTTCCCGGGTCTAATCTTCGGGGCCAT 3 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-46 osa-MIR1439 0.0000000004 -46.4 ..........((((.((((((((((..((.(((((..(((((((((((((((..((((((......))))))..)))))))))))))))..))))).)).)))))))))).))))......... (-46.4)