mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTACA TACTTCCTCCGTCCCAAAAAA CAACTAGCTGGATACTTCCTCCGTCCCAAAAAAAAAGGCAAACCCTGGGTTTTCGTGTCCAACTTTAACGATGGACGGTCAAACGTTGGACACGGAAACCAGGGTTTGTTTTTTTTTGGAACGGAGGGAGTACATATGACAAG GCGACGCGAGAGCCCTACCCAACCCAACCCAACCCGCGGCGAAGAAAGCGAGGAGCGCCGCCGCAGCGGGAGTTCGCCGCCGGCGACGCGCTCCTTGCCTCCTATACCGAAGGCTAGTTGCAAGAACCAACCAACTTGAGAGTGAGAAAGCACAAAAAGAAGCCGAAGTCCAGAAGGTGGTGGAGGAGAATGTGAGGCTGCGTGCGATGATTGATAAGAAGGAAGCGCAGCTTCAGGCGATGAGTGAGCAGTGCAAGTTCATGGCGCTGAGCCGTCCCAACTAGCTGGATACTTCCTCCGTCCCAAAAAAAAAGGCAAACCCTGGGTTTTCGTGTCCAACTTTAACGATGGACGGTCAAACGTTGGACACGGAAACCAGGGTTTGTTTTTTTTTGGAACGGAGGGAGTACATATGACAAGCTGTTACGCTTGTTCAATGATGCCACTTACGAATTACCGTCACTGCATTGTTGCAACAAGAAGAAGAGCTCCAGATAGATGTGGCGAAACAACGGATGGTGCCAACTGCTGGCGAGTCCGTTCCAGGCACTCTGATTGCTGCTGCTGCAAACAAATTGTTTACCTTAATGTAGGTGTGATGTGTTGGGACTGTAAACCTGACATCTTTGTATTCTTGTAACTTGGAATTTGTGTAAAAAAAAAAACCAGGGCACATTTGTCCGAATCCATAAATCCTCTGAAAAATGAGCTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATTCAGTTCATTAGTCCTACAACAACATGGCATCCATAAATCGCCCCATAGTTTTCTTCACAG 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 0.0000000005 osa-MIR812c 0.000002 -67 ............((((((((((((.((((((((((..(((((((((((.((((((((((((((.((...(((.....))).)).))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))........... (-67)