mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGATGGA CCTCCGTTTCACAATGTAGAC CTTTACCATACTTCCTCCGTTTCACAATGTAGACTTTCTACGTATCGCCCGCATTCATATAGATATTAATGAATCTAGATTCATATGTGTGTGTAGATTCATTAACGTCTATATGAATATGGACAACGCTATAAAGTCTTACATTGTGAAACGGATGGAGTACTTTGTT TGTAAAACCTAAAGCTCCCCTACATCTACATGTGCCTTCTTGAACTGATTATCTGATTATAGTCACCTTTGTGTATCCTTTACCATACTTCCTCCGTTTCACAATGTAGACTTTCTACGTATCGCCCGCATTCATATAGATATTAATGAATCTAGATTCATATGTGTGTGTAGATTCATTAACGTCTATATGAATATGGACAACGCTATAAAGTCTTACATTGTGAAACGGATGGAGTACTTTGTTGTTTTTTACTGAAAGCGGAGCTAATTCTAACACTCTGGTCTCCATTTTTT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-34 osa-MIR819k 3e-24 -66.8 ........((((((.((((((((((((((((((((((.(((((.....(((.((((((((((((.((((((((((((.((.((....)).)).)))))))))))).)))))))))))).)))...))).)).)))))).)))))))))))))))).))))))....... (-66.8)