mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA TGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCTACCGGAAGGGTTTGTGCAGCTGCTTGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCCATTAGAACACGAGGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGATCGAGGAGCCGCTTCGATCCCTCGCTGACCGCTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTG 4 0 3' arm Hordeum_vulgare_subsp._Vulgare pmrd MIR159 8e-19 hvu-MIR159a 7e-96 -82.7 .(((((((((.(((.(((((...((((((...((..((((.(((.((.(((.((((.(((((....((((...(((((((((............)))))))))...))))....))))).)))).))).))..))).))))))..)))).))..))))).))).))))))))). (-82.70)