mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCCTGATGATGCTGCAG GGAGCCATCGGGTCGAACC ATACAGTCATGAATCCAATCCACTACATGAAACCGCCCCGGCGCAAGTCCGAAAACGCTGAAACGCCGGAGGAGCAAAAAAGATACTGGCTTCCCAGAACATTTACAGTATGGCTTCTTTTTCAGCGGGGGTGGTGGTGGTGGTGTTGGTTGCTTGACGACGATGATGGAGCCATCGGGTCGAACCGGAATGAGGCCGATGGGGCGGCGGGGGCAGCTGCCGCGGCTGTTTTGGAGAATCCTGATGATGCTGCAG 7 2 3' arm Hordeum_vulgare_subsp._Vulgare pmrd mir-172 0.001 bdi-MIR172d 4e-24 -104.4 .....((((.(...((((((((((((.....(((((((((((....)))......((((((((.....(((((((..........((((....))))..(((.......)))))))))))))))))))))))))).))))))).)))))...).))))........((.((((((((((.....(((((((..(((((....((((((.......)))))).)))))))))))).....)))))))..))).)). (-104.40)