mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCCTGATGATGCTGCAG GCAGCATGGGAAATACA CTTGGGCAGCATGGGAAATACAGTCATGAATCCAATCCACTACATGAAACCGCCCCGGCGCAAGACCGAAAACGCTGAAACGCCGGAGGAGCAAAAAAGATACTGGCTTCCCAGAACATTTACAGTATGGCTTCTTTTTCAGCGGGGGTGGTGGTGGTGGTGTTGGTTGCTTGACGACGATGATGGAGCCATCGGGTCGAACCGGAATGAGGCCGATGGGGCGGCGGGGGCAGCTGCCGCGGCTGTTTTGGAGAATCCTGATGATGCTGCAG 6 4 3' arm Hordeum_vulgare_subsp._Vulgare pmrd 100 bdi-MIR172d 4e-24 -110.9 .....(((((((((((......((((.(...((((((((((((.....(((((((((((....).)).....((((((((.....(((((((..........((((....))))..(((.......)))))))))))))))))))))))))).))))))).)))))...).))))..((((((((....))))..))))..(((((((..(((((....((((((.......)))))).))))))))))))....))))....))))))).. (-110.90)