mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCCTAGATTACATTGGAC CCAATGTAATCTAGGTCTAC TCTCTGTATCTCGAAGTAGACGGCGGCTTAACCGATGTAGGCCTAGATTACATTGGACAAAACAGTCCAAACTTGAGATGGTTACTTCTTGGTCCAATGTAATCTAGGTCTACATCTGTTAAGTCTCTAAAGTATTCTGAAAGAGA 0 0 5' arm Medicago_truncatula pmrd 100 mtr-MIR2088a 3e-79 -64.2 (((((...((..(((......((.((((((((.(((((((((((((((((((((((((.....(((...((((......))))))).....))))))))))))))))))))))))).)))))))).))......))).)).))))) (-64.20)