mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATACACTAGCACGGATCAC GATCCGTTCTAGTGTATCAT ATGTGCTGTGCAATTGTGATCCGTTCTAGTGTATCATACAATTCACAGCTTAATATTGATTAATTCCAGTTTATTAATTTGGAATATATATCTTTTGATAGAGGCCTAGGTCACTAATTTTCTTGTTTTAATATATTTAAGAAAATATCATATGATATCTTCTACATATATCAAGATTAACCGTATAGTTTAATGGCCTTTATATGAAAATTTTTATGTTCTTAAACTAAACTGGAAATATTTGAGAGCTGGGATATTTTTGATACACTAGCACGGATCACCGTTGTGGGTCACGTA 1 0 3' arm Medicago_truncatula pmrd 100 mtr-MIR2199 2e-88 -99.89 (((((.(.((((((.(((((((((.(((((((((((....((((.((((((....(..(.((.((((((((((.......((((((((.(..((((.(((((((((......((((........(((((.((((((...((((.(((((....))))).))))..)))))).)))))........)))).....)))))))))...))))..).)))))))).....)))))))))).)).)..))))))))))).....))))))))))).))))))))).)))))).).))))). (-99.89)