mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCTCTATGCTTCTGTCATC TGACAGAAGATAGAGAGCAC TATGTGATATATGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGATATGCAAAAATTTCATCAATCATTATTATTAATATCATTCTTTGTTTTTTAGGGTTTAGAACTTTAGAGAGAGACATTATTATCCTTATCACTATGCATTTCACTCCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCACTCTCTTCACCCC AATAGGCTCTCAATTAATCATTCTTTTCTCTCTTTCTTTCAACAAATATCTCTTTTTCTTTTCTCTTTTATTCTCTCTTTTTTTCCTTTTCTTATTTATTTATTTAGAATTATTGGATTTATTTTTTCCATTTCTGTTTCCCTAAAATGAAGTTTAATTTTGTTGGGGGGCAAAAGAAGGAACATATGTGATATATGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGATATGCAAAAATTTCATCAATCATTATTATTAATATCATTCTTTGTTTTTTAGGGTTTAGAACTTTAGAGAGAGACATTATTATCCTTATCACTATGCATTTCACTCCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCACTCTCTTCACCCCTTCCTTTTATATACCCCATCCCTTCACTACTTTTAATTTACTTATATTTTTCTAATCTCCTTCCCATTTCTAATCACTTCTAATTTATAAATCTTCTACATATATACAGCCCTAAGAAATGTGTTGATTTTTCTATGTGTTTAGGTGCTTTGTGCAGCAGTTCAAACAGCCTAGGGCAAGGGAGGATGAGAAGAATTATTAAGAAATATGCTTAGACGTTGAGGTATTCGGATGCGTCTACTCATCCTCGTATTCTTGTTTCCTTTAATTGGAAACTAATGAAATTATGATGAAGGGGTTGAAGATATATGATAATTACCAATTAAGATGCCTATATGCCAATGAGATATTAAAAGAGTAAAGTGAATATTCCTCAAAGAGGGGGAAATGAGGCTCACAACTGCCACTTGTTTGATTCATTTATATTTGTG 2 1 3' arm Cucumis_melo_subsp._melo mirnest 100 ptc-MIR156j 1e-17 -52.6 ...((((.....((...(((((((((((((((((((((((((.(((.(((((.................((....((((.((.(((((((..(((((.....)))))...))))))).)).)))).))............))))).)))...)))))))))))))))).)))))))))..)).....))))... (-52.6)