mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGATTGTTTGGTTTTGTTTTT GTACAACCCATACACTTAGT TAAGTACAACCCATACACTTAGTTACCAGCACAAGCCGGTGAATCCCTTTCTGGACTGAGCTTTTGGTTTTTGAACTGGAACTTTTGCAGCTATTACAAGTTTAGAACCTTAAGTGGGGAGATTTAATGGGCTAATTTTATTAAAGGATTGTTTGGTTTTGTTTTT CGCCACCCGCGGCATTCTTATTCTTCCCCAGAGATTTAAGTACAACCCATACACTTAGTTACCAGCACAAGCCGGTGAATCCCTTTCTGGACTGAGCTTTTGGTTTTTGAACTGGAACTTTTGCAGCTATTACAAGTTTAGAACCTTAAGTGGGGAGATTTAATGGGCTAATTTTATTAAAGGATTGTTTGGTTTTGTTTTTTC 5 1 3' arm Mus_musculus mirnest SSU_rRNA_bacteria 0.0006 100 -34.6 .(((.((((.(((.(((.((..(((((.((....)).))))).((((((((((((((.((((...((((((......)))))).....))))......)))))))))........)))))..(((((((((.....))))))))).)).))).)))..)))).))) (-34.6)