mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGGGTCCACATGTCAGCCTCT AGGCTGATATGTGGGCCCGGGTG CCAAATACCACCTGGGTCCACATGTCAGCCTCTTTTCCCATTCAAATAAAAGTGACGTGGGACTGGATGGTGTGTGAGGCTGATATGTGGGCCCGGGTGGCATTTGG 1 0 5' arm Oryza_sativa pmrd 100 osa-MIR1440 0.000000000000001 -66.11 ((((((.(((((((((((((((((((((((((....((((((((...................))))))).)...))))))))))))))))))))))))).)))))) (-66.11)