mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTCCACATGTCAGCCTCTTTTC GTGAGGCTGATATGTGGGCCCG CCACCTGGGTCCACATGTCAGCCTCTTTTCCCATTCAAATAAAAGTGACGTGGGACTGGATGGTGTGTGAGGCTGATATGTGGGCCCGGGTGG 4 0 5' arm Oryza_sativa pmrd 100 osa-MIR1440 0.00000000007 -58.91 (((((((((((((((((((((((((....((((((((...................))))))).)...))))))))))))))))))))))))) (-58.91)