mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCGGTTGGTAACACCAACCGGGA CCGATTGGTGTTACCAACCAAGA ATCTTTAATCCCGGTTGGTAACACCAACCGGGACTAAAGATGGTTGGTGGCTTGACACATACCTGACAACAATCGAACCGGAACTAAAAATGATCTTTAGCCCCGATTGGTGTTACCAACCAAGACTAAAGAT 4 0 5' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -55.92 (((((((.((..(((((((((((((((.((((.((((((((.(((.(((......)))....(((.............))).......))).)))))))).)))).)))))))))))))))..)).))))))) (-55.92)