mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTTGGTAACACCAATCGGG CGGTTGGTGTTACCAACCGG CTTTAGTCTTGGTTGGTAACACCAATCGGGGCTAAAGATCATTTTTAGTTCCGGTTCGATTGTTGTCAGGTATGTGTCAAGCCACCAACCATCTTTAGTCCCGGTTGGTGTTACCAACCGGGATTAAAG 0 0 5' arm Oryza_sativa pmrd 100 100 -69.1 ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...................(((....))).(((..(((......)))..))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))) (-69.10)