mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACAGAAGATAGAGAGCAC GCTCTCTATGCTTCTGCCATC TGTGATGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGTTTTGCAGTAGACTCTGGATCTCACTCCTTTGTGCTCTCTATGCTTCTGCCATCACCTTC 2 2 5' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 ptc-MIR156i 2e-51 -40.4 .((((((.....(.((((((((((((((((((((.((((...(.(((......))).)...)).)).)))))))))))))).))))))))))))).... (-40.40)