mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATAG GATTATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAAGCTCCTGCTGGGTAGATCGAGCTGCTGAGCTATGAATCCCACAGCCCTATCACCATCAGTCATTTTGATGGGCCTGCGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTATTACCTAATGTTAGATCTTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTAAACCTTTGA 3 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR159 1e-76 ptc-MIR159b 4e-91 -78.42 ......((..(((((((((((..(((((((.(((((.((..(((((((((...(((((.(((((.((((....((.(((.(((((((.............))))))).))).))....)))).))))).)))))..)))))))..))..)).))))).)))))))..)))))))))))..))..... (-78.42)