mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGGGTGAAGGGAGCTCCT GAGCTTGCTCACTCCAGATC ACCATTAAATAGGAGCTTGCTCACTCCAGATCTGAAAGGAGGTGATAGGAAACCACTTCTGCTACTTCATGAATACCCGTGGGTGTGCGCGTAGCCATGGTGAGCTGCGCAGGCTAAGGGTCTGCATGTGCTAGGAGATGTGGTTGCCTTGATCTTTTTGGTCTTGGGGTGAAGGGAGCTCCTATAGTCCCA 2 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR159 3e-105 ptc-MIR159e 1e-106 -88.3 ........((((((((((.((((((((((..(..((((((......(((.((((((.(((.(((...((((...((((...(((.(((((((.((....))..)).))))).)))..))))...))))...))).))).)))))).)))...))))))..)..)))))))).)).))))))))))....... (-88.30)