mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGGAGTGAAGGGAGCTCGA GAGCTCTCCCCACTCCATGC GAGGCTCAATGGAGCTCTCCCCACTCCATGCCTGAAAGGAGTTCGATGGTAGACCATGGCTGCTAGTTCATGAATACCCTTGGGTGCGCAGAATTAGCAACGGTGCAGGCGAAGTTGCGCAGGCTAAGGGTCTGCATGACCTAGGAGACGTGGTTACCCTGACCCTTTTTGTATTGGAGTGAAGGGAGCTCGATGGTCTTT 3 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR159 1e-110 ptc-MIR159f 6e-112 -93.5 ((((((..((.((((((((..((((((((((..((((((.(((....(((.(((((((.((.((((.(((((...((((((((.(((((((.....((..........))....)))))))..))))))))...))))).)))).)).))))))))))..))))))))).))).)))))))..)))))))).)))))))). (-93.50)