mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGAACCCATCAGAGTTGGG CAAGTTTAAGTGGGTTTGACTG TTTACCCAAGTTTAAGTGGGTTTGACTGCATCACTAGGCTCAAGAGCTTTGAATATCAAACCCAAAAGCCTTGGGTCCAGCTGCAACCTGAACCCATCAGAGTTGGGTGAG 4 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 0.00002 100 -42.84 .((((((((.(((..(((((((((..((((...((.((((((((.(((((..............))))))))))))).)).))))...))))))))).))).)))))))). (-42.84)