mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGTAATCCCAGCACTTTGG AAAGTGCTGGGATTATAGGTG CCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAACCACCATGCCTGCTTGGGATATTTAATATATTCTCTGGAATATGAAAGACCAAAGGGCAAAAAAATAGCTAAGACACACTCTTGAAGAGAAAGAACAAGACTATTCTGCAGGAAAATATGAAAATAAGCTCAACTGCCGGGCGCGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGG 0 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd Metazoa_SRP 4e-21 hsa-mir-3929 0.00000000005 -105.4 (((..(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((.((((....(((..(((((((....))))))))))..)))).((((.....................(((((...((((((.......)).)))).)))))...(((....))).))))......)))))).))))).)))))))))))))))))))))))))))))))..))) (-105.40)