mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCTCGATACCAATCCCAACATTG ATGTTGGGATACATATCGAGACTT TTATCAATGTTGGGATACATATCGAGACTTGCTTAATACTTGCCTTCATCATGGTTTTGGAAACATGGAGATTGGTAAGTTAGCAACATTGGTAAGTATTAAGCATGTCTCGATACCAATCCCAACATTGGTAA 3 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd snoR71 0.000000000000002 100 -63.2 .(((((((((((((((...(((((((((.(((((((((((((((.((..((((..........))))..))...((......))......))))))))))))))).)))))))))...))))))))))))))). (-63.20)