mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAATGGAAGCTTGCCCT GGCAAATCTCCTTTGGCATG ATTGCCGGGCAAATCTCCTTTGGCATGGCGCCGCACTCTACAGGAATGCATCAAGTGTTAGATATTGCGTGTCTTAGTGGCTGCATGCCAATGGAAGCTTGCCCTGTAAT 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-399 1e-56 ptc-MIR399c 6e-58 -42.2 (((((.((((((.(.(((.((((((((..(((((..........(((((.....))))).(((((...)))))...)))))..)))))))).))).).)))))).))))) (-42.20)