mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCCCAATGCTATTGGGTC CCCAATGCTGCTGGGTCTAG GGCCGCCAGACCCAATGCTGCTGGGTCTAGCTCAAACCCAGAACCAAGGCTATCGAGTCACGATTTTAGCCAGACTCATCAATATTGGAACTGGCTAGGCAGTTAGGCCCAATGCTATTGGGTCTGGTTGGGTC 2 2 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 6e-25 100 -61.4 ((((((((((((((((((...((((((((((((....((((..((((((((((((.....)))...))))).((....))....))))..))))....).)))))))))))..)).))))))))))))..)))) (-61.40)