mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGACCCATGCCTTGGGTT CCCAAAGCTATTGGGTATGGTG CCAAACCCAAAGCTATTGGGTATGGTGGTGGAGCCAAACTCAAATGCAATTAGGTCTTGCTGTGGAGCCAGACCCCATATCCTTCAGTCTGGTGGGCAAGGCAATTGAGTCTAGCGACACCAACCAGACCCATGCCTTGGGTTTGG 3 2 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 0.00003 100 -68.32 ((((((((((.((...(((((.((((((((..((...((((((.(((........((((((.....(((((((.............))))))).))))))))).))))))...))..)))).)))).))))).)).)))))))))) (-68.32)