mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCTCTGATACCAATTGATA TTAGTTCCTTCATGAGTTATT TTTCACTTGATTAGTTCCTTCATGAGTTATTGCAAGTAATCTCCAAATTTCCTTAGCGGATTTACATTGACATATTCTATTATATTCATTCCTATCCATAGCACATTGCAAAGTAAAAACGACTTTAGCATTTAATTGAAAATTTCTTCTATCAAGCTCATTCCATTCTTGCTTGGGTTTTGGAACCAAAATTCCATCAACTAATTTAGTGGGTAAAGTTGGGCCATCTTCAATGGCATCCCATACATCTAAATCAGTTGATTGTAAGTACCAAGTCATTCTAGCTTTCCAATAGGGATAGTCGGTTCCCGTAAAGAATGGAGCTCTATGTTTTGAACAATTTTCAGTTTGAGATGAGCTTGATGGAATAGCCATTTTCCTCTTAGATGATTAAGTCTTAAGCAAGAGGTCTAGCTCTGATACCAATTGATAAAACAAAGGC 4 2 3' arm Vitis_vinifera pmrd 100 vvi-MIR845a 0 -108.6 .....(((.(((((((...(((.((((((((((..............(((.(((...((((......(((.((((......))))))).....))))...((.....)).))).)))...(((((...(((((((..((((((..((((((((((((((.((((((((((...((((.(((((.((.......(.(((((((.((((((...(((....((((((((.....)))))...))))))..)))))).))))))).)...)).))))).....(..(((.(((.....))).)))..)..))))..))))))))))......((((..(((........)))..))))))))))))))))..))..))))))...)))))))...)))))....))))......)))))))))....)))))))......))).. (-108.60)