mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCTCTGATACCAATTGATG TTAATTATCCCTAGGGCCATG AGAACGCACATTAATTATCCCTAGGGCCATGGGATAAACAAAAACCTTGAAAAAACAAGTTAGCACACCCTAGAATGGTTCTAGCACGATTACTAACCTATGGCTCTGATACCAATTGATGGGAAAAACTC 5 0 3' arm Vitis_vinifera pmrd MIR845_2 2e-49 vvi-MIR845e 2e-70 -31.3 ........((((((((.....((((((((((((............((((......))))..........(((((.....)))))............)))))))))))).....)))))))).......... (-31.30)