mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAGGGTCTCGACCTCAAGAC TTTGGGGCACTGGGATCCTTTTG AGACAGTGGTTTTGGAGAAAATTTTGGGGCACTGGGATCCTTTTGTTGAAAAGGGGGAGCATTTGACACAGATGTTGACCCATCATGGGTACCACTTACAGGCTCAAGGGTCTCGACCTCAAGACTCTTCTCCAACAGCTTTGC TTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTAGCTCAAACTGTTGTCGTTTTTTAAAATAAATAAATCAGACATTACAGCAGAGAAGAACCTGCTTGAGAACCATTTGAGAACTCTCTCTCTTACCATAAAGGTATGCAAATTCATGTGGTAGGTACACTGTCCCTCTAGTTTCTATAATACAAATTCGTACGGATCCAACGTGGGAAAAGGAACTTTATTTATCTCTAATCCAAATGTGTTCCTGAAAACATACTTGGAAGATTCTCAAGCATCCTTAATGATCAAATTCATTCCAAGGAATTTAGTTTCTTTTCATATAATTTGGCCCGTCGGAAAGCATCCAAAGCTTCAGCTTGCTTCCCTGCACGTTTCAGATTTACTGCCTTTACCTTCTCTGTCTTGATCCGTTCTTCCATCTGATTTCTTTCCTGGCTATTTTTTTTCACTCTTGGTAGGACTAACTTTTGCAGGTCCTGGTCTCTCTGAACTTTGTGATATAATACTGCTATCTTCAATTCCAATTGCTTTCAAGGCAGAAGACTTTCCAGAATCATTAGAAGACATTTCATCCAACTGGGCTTCCAGAGCCTTGGCCAATTCAAACTCAGCTTCTGCTTCTTCCACCTGGCCTTCTCTTCGCAGCTTTAGGGCCTGACGTTTGTGGCTCAGTGACTCCTGTTGCAACTTAAATCGATCACGCCCAGACAGTGGTTTTGGAGAAAATTTTGGGGCACTGGGATCCTTTTGTTGAAAAGGGGGAGCATTTGACACAGATGTTGACCCATCATGGGTACCACTTACAGGCTCAAGGGTCTCGACCTCAAGACTCTTCTCCAACAGCTTTGCCTGCCGAAGTTCCTCTCGAGCCTCCGCCAATTTCCCTTCTCTCTTTAACGCAACTGCCTTCCTCTTACGAGCCAAAACTTCT 3 2 3' arm Populus_trichocarpa mirnest 100 100 -44.5 .......((((((((((((..((((((((...((((((((((..(((...(((..((.(((((((...)))))))..(((((...))))).)).)))...)))..)))))))))).))))))))...)))))))).)))).... (-44.5)