mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGTAATCCCAACACTTTGA AAAGTGCTGGAATTTCAGGTG TTCACTCTTATTACCCAGGCTAGAGTCCAATGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAAACTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACTCGCCACCACACCCAGCTATTTTTTTGTATTTTTANTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACGTCAGGCGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTTCAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCCTGTTTCTTTGTGTTTTAATCAAATGACTTTACATCTCCAANATGATTAAAACAAATTTTTTGAAAACAGCAGAAGGGCGGGGCACGGTGGCTCAGGCCTGTAATCCCAACACTTTGAGAGGCTGAGGCAAGAGGATTACTTGTGGCAAGGGGCTGGAGACCAGCCTGGACAACAGAGCAAGACTCCGTCTCTACTAAAAATAAAAAAAGATTAGCCAGGCATGGTGACGCATCTTTGTAGCCCTTGCTACTTAAGAGGCTGAAGTGGAAGGANTACTTGAACCAAGGAGTTCAAGGCTGCAGTGAGCTATGACTGCATCACTGCACTCCAGCCCGGGGGACANANT GCNTTACGGCCGGGCCNTGGTTGAATTCTCTGAATTTAAGGTGAGTTTCTTTTGTTTGTTTCCTTTTTGTTGTTTGTTTCTTTGTTTTTTTTGTTTGTTGGTTGGTTTGTTTTCTGTTCGANATGGAGTTTCACTCTTATTACCCAGGCTAGAGTCCAATGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAAACTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACTCGCCACCACACCCAGCTATTTTTTTGTATTTTTANTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACGTCAGGCGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTTCAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCCTGTTTCTTTGTGTTTTAATCAAATGACTTTACATCTCCAANATGATTAAAACAAATTTTTTGAAAACAGCAGAAGGGCGGGGCACGGTGGCTCAGGCCTGTAATCCCAACACTTTGAGAGGCTGAGGCAAGAGGATTACTTGTGGCAAGGGGCTGGAGACCAGCCTGGACAACAGAGCAAGACTCCGTCTCTACTAAAAATAAAAAAAGATTAGCCAGGCATGGTGACGCATCTTTGTAGCCCTTGCTACTTAAGAGGCTGAAGTGGAAGGANTACTTGAACCAAGGAGTTCAAGGCTGCAGTGAGCTATGACTGCATCACTGCACTCCAGCCCGGGGGACANANTAAGACCCTGTTTCT 4 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest Metazoa_SRP 3e-64 hsa-mir-5096 0.000000000000009 -280.7 .............(((.((((.((((.((.(((((((.((.((((((((((((..((.((.(((((.((((((((...((.(((..((((((((..(((((((.(((.(((((((....((.(((((..((..((((.((((((.((((((((.((((((((((((((..((.(((((.(((((((((((((...(((((..((.((((.(((((....(((((((((((.(((((((.(((.(((.(((((.(((((((((((((((.((((.((((....(((((((((((.....................)))))))))))........)))).........)))).))))))))))))))).))))).))).))).))))))).)))))))))))....))))).))))))...)))))...))))))))))))).)))))))...)))))))))))))).))))))))..)))))).))))..))..))))).))....))))))))))..)))))))..))))))))...))).))....)))))))).)))))..)).)).)))))))))))).)).))))))).)).)))).)))).)))......... (-280.7)