mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAAGAACGGAGGGAAGTACA CTTGTGCCTTGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTGTAGAGATTCCACTATGAATCACGTACGGATGTATATAGATGCATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTGCTCCGTATGTGGTCCATAAGTAAAATCTGTCCAAAAGACTTATATTTAAGAACGGAGGGAAGTACATANCAATC GAGAAATCTTTGATAAAGCTGGAATCAGCTACACGCTCAGCAAATCCGGGCGACCAGCGATCTTTGCGCGAGACCCGGATGGAAACGCGTTGGAATTTACACAAGTGTAGCAAGTGAGAGTCAGATTTCCAACTAGAACACACCTCACAGAATGGTGTTTGTAAGATTACTGTGCCCAAAACCTTGTTGCAGGTCTTGCTGTCTAGCAAACAAGATCTGGCTGGGGCAAATCTGCTTGTGCCTTGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTGTAGAGATTCCACTATGAATCACGTACGGATGTATATAGATGCATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTGCTCCGTATGTGGTCCATAAGTAAAATCTGTCCAAAAGACTTATATTTAAGAACGGAGGGAAGTACATANCAATCAAAGAAATTTGAGATGTNACCTATCAACATGAATGATAGACTGGGCAACTTAAAATGTTTGGGCAATTTGGGTCCTTAATANTGGATAAGGTTAATAACTCAATGACATGGGGTNATGGGACAAAATGNATAATGGTAAANTCCCTTNCAACAATAATGATACCTNAC 1 1 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 8e-53 tae-MIR1126 4e-39 -66.6 .........((((((((((((((((.(((((((((((((((....(((((..((((((.((((((((((((...........(((.....(((((......)))))....))))))))))))))).))).)))..))))).....))))))))))))))).)))))))))).))))))........ (-66.6)