mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA NTTANGAAACGGNGGAAGTAAG ATATTAAGGTCGATATATATATACTCCCTCCGTTCCTAAATAGTTGTCTTTCTAGACATTTCAAATGAGTACTACATACGGATGTATGTAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTGCTTCGTAAGTAGTCACTTGTTGAAATGCCTANAAANACAAGTANTTANGAAACGGNGGAAGTAAGATTATAATGTNACTAAGG GCTGCTCCCGTTGAAGAGAAAGCGCGAGAGGTGAGCTCGGCGATGCAGTTTGGGGGAGTATGAGCTTCTCCGCGCCTCGTCGTCGGTAGTTGGTGCGGAACTGTGGATAATATCGAATCTATGCTTCAGTATATTAAGGTCGATATATATATACTCCCTCCGTTCCTAAATAGTTGTCTTTCTAGACATTTCAAATGAGTACTACATACGGATGTATGTAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTGCTTCGTAAGTAGTCACTTGTTGAAATGCCTANAAANACAAGTANTTANGAAACGGNGGAAGTAAGATTATAATGTNACTAAGGGAACTTGAATCTAATTGGGCCAATNGGCACCTCGCAAGGATNNAATGAAGAANTCTCCGATNNAAAATTTCGNAAACTCGAAGGGGGGGCCTTTACCAATTNGCCCATGTTCGTCATTTANCGNGCTAATGGCGTCGTTTAAACTCTNACGGGNAAACCCTGGGGTTCCCANTTAA 4 1 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-22 tae-MIR1122 8e-25 -50 .......(((..(((((((..((((.((.((((((.(((.((.((((.(((.(((.((((((((.((((((((((.((((((.(((..((((.....))))(((((......)))))....))))))))).))))).))))))))))))).))).))).)))).)).))).).))))).)).))))....))).)))).))).... (-50)