mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGTTGTTGTTGTTTTCTG TTAAAATTTCAGAGCACATAG TTATTCCTATTTTTAAAATTTCAGAGCACATAGTTGTGTTGTTGTTGTTTTCTGGCTGGAAAT TAGTAACTGCGTTGTGCTTGACAAAATACACTGACATTGGTTACATGAAGCCTGTAATCTCTTGCAGTATCATCCAAGGATTTATATTTGGACTCTTAAGTTTCATTTTATTTATTTCTGATCTGCCGTGCGATGTAAGACATCGTTTTGTAGGGAAACTAATGCCCCTCTCTGTTTTTCCTTTCTTTGGTACTCTGCCCGCCCGTCCTCTGGGAAATGTTATTCTTTAAGACTTTTTGTAAGTCTTGGAGGCATTTTGAGAGCTTCGTGTTATGCCAGAGATGCTTAAACTGCTTGATAAAGGTTATGGCTCTTTGAATTAGGGCACCATTCTTTTCACAATGCCTCTTTTGAGTAAGATTACACGTTTTAAAAAAAATGAAAAAAGTCAGTTTCTTAATACAATGAAAGTAGTTTTCAGGCCAGTTGAAGCACCACTGCTGCAAGTGCAATAATATCCATGGCTGTCCATTCAGTTGTTTGGGTTTGCTTCTGAATTAGAGAATAGTGCTGTAGTTTTGTTTAATCCCAAGGACAGAGTTAATATGCATCAGCGCGTTGTCATGGTGGAGAATCACCCAGAGATGTGATTTTTGTTTTACTTAAATTGTTTTTATTCCTATTTTTAAAATTTCAGAGCACATAGTTGTGTTGTTGTTGTTTTCTGGCTGGAAATGTAGAACAGGTTTGTTTCTGTTTTCTTCATGCACGACCCTTTGGACGCGCCGCGGTTGTAGTTTAACATTCATCTACTGTGCAGAACAAATACCTCTGTATAGGTCCACAAGACGAATAGAATTTCTATTCATTCTCCAACGCTTTGGTTCACTCTGTCCTGTCCTTAAGTATGGGTGGGTTCTTGCCAATTCCACTCACTTCTGTTTCCTTCAGTTTGGAAATTCCGATAATTATTTTTTTATCCACTTACTC 5 1 3' arm Gallus_gallus mirnest 100 100 -11.1 ...((((..((...(((((..(((((((((....)))))).)))..)))))..))..)))).. (-11.1)