mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGACAGTGGCTGCGCCCTCT AGGGCTCAGCAGCTGTGCCCGTG TGCCCCCGGGATGGGACAGTGGCTGCGCCCTCTGTGAAGGGAACGGAGGGCTCAGCAGCTGTGCCCGTGCCTGGCAG CTTCAGCAGCGTCCTCTTCTGTTTACAAACAATTAGGGTTTTCTTTCTGACCAAGCAGCAGACTGCAAAGTGAATCTAAGTTCAGCTGATACTAACAGTTCTCTTCTGCAGATAGCATTTGGCTGGCTTGTTTGCTTTGTTATATGCCATCTGTGCAGTGCAAAATTTACAACACGAGCGTCTGACACTGAGATTAAGGCTCTTAATTCCCACTAAAGAGCCTGGTCTGAAGCTGAGTGTGATGAATGGAATGACTCCCTTTTATTTAAATGGGCTTAAAATCAAAATACCGTCTTTCTGCGCAGCAAAGCTAAAGCCACTTGTAACTGTGTGGTTGCAGCAAGTGTTTATGTTTTACAGGGCTCTGTGTTGGCCTGGATTTGGGCCCGAGGCAGGTCAGCTCTTGGCATTTTCAGTTTATTTTGGTTCATCTCATCTTTGACTTTTGTTTCTCTGCCTTCTCTCATCTGGTGCCCCCGGGATGGGACAGTGGCTGCGCCCTCTGTGAAGGGAACGGAGGGCTCAGCAGCTGTGCCCGTGCCTGGCAGAGTGGAACCCCAAGCGACAGCGAGCCAAGCTTTCAACACAAATGCTTCATGTTGTAAGAATTACCTTTCTTCAATTGCCTTTCTTTTAGACCGGGAACCTGTGGCCATGCCATACTGGCCCTTTTTCTCCAGTGACTTCTGGTCCTATGTGGA 2 1 5' arm Gallus_gallus mirnest 100 gga-mir-1608 5e-36 -43.2 ((((...(((((((((((((.((((.(((((((((.......))))))))).)))).))))).))))).))))))). (-43.2)