mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTTGGTTGGTTGGTGGTTGG CCGCCAGCACACCCGCTGT GAGGCACCGGCACCGCCAGCACACCCGCTGTTCATGGAAATATATTTTGCTTTAGAAAACAAAAATTAAACCTTTAAATAGAAGCAGAAATGGGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGTTGACTGGTTGGTCGGTTGGTTGGTTGGTGGTTGGTTGGCTGGC GGACCGGACTGCAGCCCCACACATCGCGGCCCCACACACCGCAGCCACTGCCCATGGGATGTGGTGGGGCGGATGTGTGGTGGGGCCACATCCATCTGCCCCCAGCATACCCTCCATCCGCCTGGGAGCGGGGAGAGCAAGGGGCGAGGAGAAGATCTTAAACTTAGCATTGAGCGGGTTTCTGTTTTATTTTTAATAAAAAGCTTTTTTTAAAGTGGTGAAGATGGCCAAAGTTTCATACAACTGAGAATAAAGTAAGGTGAAAGGCACGTGTTGGGGCCACCCGTGCCCACGGGGCAGGTGGGGCGGGAGCAGGCGAGGGAGGCACCGGCACCGCCAGCACACCCGCTGTTCATGGAAATATATTTTGCTTTAGAAAACAAAAATTAAACCTTTAAATAGAAGCAGAAATGGGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGTTGACTGGTTGGTCGGTTGGTTGGTTGGTGGTTGGTTGGCTGGCTGGCTGGTTCGTTGGTTGGCTGGTTTGTGGTTGGTTGGTTGGCACTGAGATACTGCCCACTGTGAAACACAAAGCTTTGAATATTTTATTTCGGTTTTATTAGGGGGGTGAGTAGGGTAGAACAGAAAGCATAAATGAGGTGAAGAGGGGTATGAACAGCCTTTGCAATGTACAAAAAATAGAGCAAGTGAAACCAAAAATGATGTTCTTGGTGTTTTCTATTAGTGTAGTCTGTTAGCTTTTTTGTTACTGTTACAATGCTGATCTCAAACTGTACCAAATTCATGGAGACGAA 5 0 3' arm Gallus_gallus mirnest 100 100 -41.8 ..(((((((..(((((((((..(((.((((.(((........((.((.((.((((..(((...((((((.((.((((.(((...((....))...))).))))..)))))))).)))..))))..)).)).))..))).)))).)))..)))))))))))))..)))... (-41.8)