mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGGGAAGAGAAATGGTCTGCT CAGATCATTATACTTCCCTCGA CGAGGTGGGAGGGAAGAGAAATGGTCTGCTGGAGGACTGTTTATTTAAATTGGCAGATCATTATACTTCCCTCGAGCACT CGAGGTGGGAGGGAAGAGAAATGGTCTGCTGGAGGACTGTTTATTTAAATTGGCAGATCATTATACTTCCCTCGAGCACTAGCGTCACTTTGCTTCTACAGTTTAACAGAGTGGGTAATAGGAGGTGGTCTCCCTACCAGGAGGAGTCCTTGCACTGCCCACAGCGTCGACTGAAGAGTCCTAAAGGTGAAGGAATGTTATTGATGCCTCACTCCTCTTGTCACTGATGTCCTTTAGCCATCTCTATCTTACCAAGATGGGGGAGATCTCGTTTATCACTTTCGAAGTGCAAACAAGCTGTTAGGATGTAAGATACTCCTTGCACTTTTCACAGCTGTCCCTGATCTCCTGTTTTTGACTTGGCTGTGAACACCCTCACTGCTACAAATGCGTGACAATGGTGAACACAGCGTGGGGAACACTAGTTTGCTTATATCCCCCCCCACACCCTTACCCACCCTCAGACGCCCCTCCTCACACCGCATCACCTCCCGCCGGTACCTACACCTCACAATGCCCCTCACGCACGCTCACATCCTAATACACACACCCCACGCACAACCAACTCCCTCCATTCCCTATCTACCCCCACCCCACCTCCCCCACACCACCTTACAGTCATCCGACCCTACCGCCCCCCTACCTCACCCTCTACCATACTCTCTCTCACCACCTCCGACCCCCAAATCACCCCCCTAACCACCCCTCCCAACACACAAGGTCCTCTACTTAACATACACACCCTCACTCTTCCTCCCACCTACTCTAATTCCACCCCTCCCACCCCCACCACCCGGCACCCGACATTG 3 0 5' arm Gallus_gallus mirnest 100 gga-mir-1778 3e-34 -27.9 ...((((.((((((((...((((((((((((.......((((....))))))))))))))))...))))))))...)))) (-27.9)