mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCGCTGTCCCTGGAGGTGCT CTGCCCAGGGAGGTGGTTG CGCTCGAATGGGCTGCCCAGGGAGGTGGTTGAGTCGCTGTCCCTGGAGGTGCTCAAGAAACG AGAGCCCACGTGCCCGGTACCAGGAACTAGTGCATCTGACTATTCAGATTGGGACTATATCACCGCTGAGGGACTGGGATTATTCAGTATGAGAAGAGGAGGCTTCAGGGGAGACCTAATCGCTCTCTAAAACGTGAAGGAGCTTGTGGAGAAATGGGGGCAAGGCCTCTTATCCCACATAACTAATGATAGAACAAGGGGGAATGGCCTCGAGTTGCACAAGGGGAGATTCAAGTTGGATACTGGGAACATTTCCTCTCTGAAAGAGTGGTCAGGCGCTCGAATGGGCTGCCCAGGGAGGTGGTTGAGTCGCTGTCCCTGGAGGTGCTCAAGAAACGTAGATGTTGTACTAAGGGATGTGGCTTAGTTGGGAAAAACTGGTGGTAGGTGGATGGTTGAACTGGATGACCTCGGAGATCCAATCACCAACCTTGGTGATTCCGTGATTCTACAATTTTGTCATTCTAGTATGAGTTTTGGACGACATGCTTACTAGATTGCCTCTGTGGCAGTAATTTTACTGAGAAGCTGTGGATATATATAAGCTCATGTTCTGTTTATTATTGTTGGGTTTATTTTTTTATTGCTTAACAGTTTAATGTCTGAATGTGCTTGAACTTTTTTATATAAGAATAAATGAATAAATAAACAAACCATGAAAAGGACATGATTTAAGACGTGTTTGCACCTATCATGTGCAAGTTACTTCTCCGCTTAGAACAAGGCATGGAGATCAAGTTATTAAATAAATTGTTTTTGTTTTTCC 4 2 3' arm Gallus_gallus mirnest U2 0.0002 100 -21.8 ...((...(((((...((((((((((((.....))))).)))))))....))))).)).... (-21.8)