mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGGGGGGTGGATGTTTACTT GTAAACATCCTACACTCAGCT TGTTAAGCTAACTTTTAGTTCCTGTAAACATCCTACACTCAGCTATAACAAGTGGTAGGGCTGGGGGGTGGATGTTTACTTCAACTGACTTGGAAAGGCAG ATGTCCCATATATATTTGGTGTTGAGCATCAATTCTGATAATGATTTACATTTGAGGTTTCTAGAAGTGCCTACTCCAAGCATCAAGAGTCTTGGCAGGTAAGTGCAACAGAGATAGTGAATTCCAGCAGCTGTGAGAATAGTTTTATTCTGTTTTTCCCTGTTATCTCTGTAGTATTAGAAACTGTACAAATACATTACCGTGTTCTGATATTTATAAGGTTAATTGTTAAAAAACAGTGCTCCAACTTTACGTCAGTAAGCTTTAATAACTGTTGCAAATGCCTTCTGAGTAGCATAAGCTGTAGCGCACACAGCGTATTGAAATATGCCTGTGCCGATTCATTTTGGATATCTTGAAAGCCAATGCTGTATTTATATTGTTAAGCTAACTTTTAGTTCCTGTAAACATCCTACACTCAGCTATAACAAGTGGTAGGGCTGGGGGGTGGATGTTTACTTCAACTGACTTGGAAAGGCAGCTTTCCTGAATGATCAAGTGACATTTTGGCAAGAACGGAATGCTATATTTCAGTGGTATTCAGATAAGCTTATTGTATTGTAAATACTCTTCTTTCTGTGGAAGTACTGTATTTCTATAAATGTCTTAATGCATGATTATTGTAAAGCAGTCTTTAACTGTAAATTGTGTATCATTTTGATTGCAAAATA 3 2 3' arm Gallus_gallus mirnest mir-30 1e-25 gga-mir-30b 3e-44 -33.1 ......(((((...)))))....((((((((((.((.(((((((...((.....))..)))))))..)))))))))))).....(((.(((....)))))) (-33.1)