mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGGTAGTGGGTTGCATAGT TATACAACCTGCTGCCTTTC GGAAGCATTGGGCTCCTAGGAAGAGGTAGTGGGTTGCATAGTTTTAGGGCAGGGATTTTGCTCACAAGGAGGTAACTATACAACCTGCTGCCTTTCTTAGGGCTTTATTATAAC AAACAGTGCTAACTGTAAACTTCTAGTACATGCCCTGGCCTAAAAATGCAGAACACCAAAAGCAGCTGGTAAGCTAAGCTGGCTTCACAGAGCAGCTGGTAAGCAAGAAGAACTGCAGAAAGGAAGCATTGGGCTCCTAGGAAGAGGTAGTGGGTTGCATAGTTTTAGGGCAGGGATTTTGCTCACAAGGAGGTAACTATACAACCTGCTGCCTTTCTTAGGGCTTTATTATAACACCAGGACCATTTTGGCTCCATCCTAACCTCTGCAGCTTTGGTATGTGAAGAGAAGTGAAGCTGTTTCTAAGCATATTGAGGTTTAATGAAACTGGTGTCTCAGCAAATTTGGTACAGACTTGAGCATAGTACTATTAACTGG 1 1 5' arm Gallus_gallus mirnest let-7 1e-41 gga-let-7d 1e-53 -41.4 .........((((.((((((((.(((((((((((((.((((((...((((((.....))))))..........)))))).)))))))))))))))))))))))))......... (-41.4)