mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCACAGTGGCTAAGTTCTGC AGAGCTTAGCTGATTGGTGAACA GGAGACCTCTCTGGTGGGGTGCAGAGCTTAGCTGATTGGTGAACAGTGATGTTTCCCTCTTGTTCACAGTGGCTAAGTTCTGCACCTGAAGAGAAGGTGAGA GTGGCATCCTCTCCATCAATTAAACAAAAGAGGCCAAAGAGGAAAGGAGCAGACGCACCATGGAAGAACCTCATCTGATAATTAGTGGTACTGAGACGGAGACCTCTCTGGTGGGGTGCAGAGCTTAGCTGATTGGTGAACAGTGATGTTTCCCTCTTGTTCACAGTGGCTAAGTTCTGCACCTGAAGAGAAGGTGAGATGAGGATGTTTCTTAAGTGTCAGCCTGCATAGGGTGGAGAGCATTCACTGCTTGACAGGCAGCTTTGCAATTAGTGCTGGTGTGCCAAATATAGTGTGGAGTGGCTAAGAGGCAGAGACGGTTGGAGAGGACCAAAGACTTTTTTTTAAATGAAAATAAACAGCACTCCTTCTGTCTGACTGCAAAAATAAGTTATTTCGTACAGTAACGTGGTTACAGAGCTTTTCTGAAGGTCAGAGGAAATCAGCTGTTTGTGAC 2 2 3' arm Gallus_gallus mirnest mir-27 2e-18 gga-mir-27b 3e-38 -46.8 ....((((((((....((((((((((((((((((....((((((((.((........))))))))))..))))))))))))))))))..)))).)))).... (-46.8)