mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCACACTGCAACACTTTAC CTGTTGTGGTGTGCAAA TTATCTTCGATTTGGCTGTTGTGGTGTGCAAAACTTTGTACCTTGCTTTTTGCCACACTGCAACACTTTACAGATGTGGAAGA AAAGGGGGACTCCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACGAGGTTATCTTCGATTTGGCTGTTGTGGTGTGCAAAACTTTGTACCTTGCTTTTTGCCACACTGCAACACTTTACAGATGTGGAAGATGTGAAATTTGTCATCAATTATGACTACCCTAACTCCTCTGAGGACTATATCCACCGAATTGGACGAACTGCCCGCAGTACCAAAACAGGCACAGCATATACATTCTTTACTCCTAACAATATTAAGCAAGTAAATGACCTCATCTCTGTGCTTCGGGAGGCTAATCAAGCCATCAACCCTAAATTGCTTCAGTTGATTGAAGACAGAGGTTCAGGTCGTTCCCGAGGTGACCGACGTGACAGATACTCTGCGGGCAAAAGGGGTGGATTTAGTAGCTTTAGAGAGAGGGAGAACTTTGAGAGAACTTATGGTGCACTAGGAAAGAGAGACTTTGGAGCCAAAGCTCAAAATGGGGCCTACAGTACCCAGAGTTTCAGTAATGGAACTCCTTTTGGAAATGGCTTTGCAGCTGCAGGCATGCAAGCTGGCTTCAGGGCTGGTAACCCTGCAGGAGCTTACCAGAATGGTTATGATCAGCAGTATGGAAGTAACATTGCAAATATGCACAATGGCATGAACCAACAGCAGTATGCATATCCTGCCACTGGTGCTGCTCCTATGATAGGTTACCCAATGCCAGCGAGTTATTCTCAATAACTTAGTGTATTTAAATGTCTCAGTTTTTCATAATTGCTCTTTATATTGTGTGTTATCTCAGAACAGGATAGTTATTTAAGAAATGGGAAACGCAGAAATGACTGCAGTGCAGCAGTAATTATGGTGCACTTTTTCGCTATTTAAGTTGAATATTTCTCTACATTCCTGAAACAATTTTTAGTTTTTTGTACTAGAAAATGCAGACAGTGTTTTCAAAAGTAATGTACAGTGATTTGAAATACAGTAACAGAAGGCAGTGCATGGCCTTCCAATAAAGATATTTGAAGACCCGAATTTTCTTTCAGATGGCAATTTTCTCAACATGTGCACAACTTTACCCTAATGGAAATGTCAAATGTTTTTTATATTAAATTCCAAAAAAGGTTTCCTCACCGGTGTTCTGAATAAAACATTTTAACCTTAATTGAAAAAACAGCCCTTGCCCTTGAATTGGGCTAAAAATTGGCTTAACACTGGGGCAGGGCTCTTTATTTGGGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAACCGGGGCTTTTCCTAAAAAAAACCAAGGTTTGGGAAAAAATGGGGGTCCTTTTTCTTTCTCCTCTGTTGTTTTTGTGGAATA 5 1 3' arm Gallus_gallus mirnest 100 hsa-mir-3064 7e-20 -24.7 ...(((((.(((((..(((((((((((((((((....((.....)).))))).)))))))))))).....)))))...))))) (-24.7)