mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTACATTGTCTGCTGGGTTT ACCTGGCATACAATGTAGATTT TGTCCAGGTTTGGGGCATGAACCTGGCATACAATGTAGATTTCTGTGTTTGTTAAGCAACAGCTACATTGTCTGCTGGGTTTCCAGCTGCCTGGAAATA GTTTGTTGGATTTCTGTCTTCTCTCCTTGGTGCAGAGCAAGTTCACAGTGCTAACAAGTTAACGTCAGAGGTGTGGCCCCAAGTAAAGAATTGGATATATTGGATGTTGGATCTTCTTTACAGTGGGAATCAGATTAACTATCTGGATGTTTTATATTGGGAAGCAGAAATATTTTCCATAGCCTGTTGTGGGGGCTGTAGTTTAACTGGTATCTGTAAATTGGAACTATAAAAATAATCGGACTTTTTCACTGAAGAATCTTCAGCCTACCCTAATCAAAGGATAGGTGTTGAAAATGGTATCTTGTCTGATTGTGTGACTATTGCATAGTAGGGGAGGAAGTGTACTGTGAACTGCGGTGCGCACAGCTGCTGTTAATCAGTTGTGTGGGAAGACTGTCCAGGTTTGGGGCATGAACCTGGCATACAATGTAGATTTCTGTGTTTGTTAAGCAACAGCTACATTGTCTGCTGGGTTTCCAGCTGCCTGGAAATACAAAGTGGAGGGTTGTCTACAATTTTATTTGTCAAGCTGCCTCTCTGCCAATCTTACATAAGGAAAATAATGCAATTGAGGTCTGTGGGCTCCCTCACTCCTTGTACCAGCTCAGGTGATC 3 0 3' arm Gallus_gallus mirnest mir-221 8e-33 gga-mir-221 1e-49 -39.4 ..(((((((....((...((((((((((.(((((((((.......(((((...)))))....))))))))).))))))))))))....))))))).... (-39.4)