mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGAGTGGTTATATACTGCT CAGTGAGTGAGCATCTGTGGAA GGAGCCTGGAACCAGAGTGGTTATATACTGCTGCCCTTTGGAGGCAGTGAGTGAGCATCTGTGGAACCTTAAGT CTAACTTTGTAAAATAGGATGTGGCACAGAAGGGAGCACGGGAAGTTTGGTGGCAGTGGGGGGGTGGTCAGACTGCCAGCACTGCCAGCAGCTGCAGCTGCCCTCAATGAACGCTTCCCTTCATTGCGCAGGGAGGTAACAGACACTGCATTGTACAACCTGACCTCAAAAGAGAATTGTAATACCTCACGTTGCAGTTTGGTTTTCTCCTGTTGTTAGGGAATTAATTAAGGTGTTGTTGTTATTGTTGTTCTTTTAAATCAGAACTTGTGCTTAAGGTGAGAGTGCAGAACCTCAGAGACGACGACTTCATTGAAATTGAACTGGACAGACAGGAGCTGACGTACCAAGATCTGCTCAGGGTGAGCTGCTGTGAGCTGGGCGTTAATCCTCAGCACGTGGAGAGGATCAGGAAGCTCCCGAACACAGTGCTGAGAAAGGACAAGGATGTTGCCAGGCTGCAGGACTTCCAGGAGCTGGAGTTGGTTCTTGTGAAAAGCGACAGCTCTCCCTTCAGAAATGCTGCATCAGCTTTGACTGAGAGACCGTGCTACAACAGCAGAGCCTCAAAGCTGACCTACTGAGTGCCAGCTGCACATGGAGCCTGGAACCAGAGTGGTTATATACTGCTGCCCTTTGGAGGCAGTGAGTGAGCATCTGTGGAACCTTAAGTTATTGTTAGGGCTAATATTTTAACTAACAGTTGTCTCTGGTATTTAAAAC 3 1 5' arm Gallus_gallus mirnest 100 100 -18.8 .......((..(((.((((.((((.(((((((.((....)).))))))).)))).)).)).)))..))...... (-18.8)