mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGGTGGAAGAACAAGGCCTGC AGGGCCTGCTTCCTCCACCTACA TCCAAAAGGAAATGGTGGAAGAACAAGGCCTGCCCGCGAGGTAAGGGCAGGGCCTGCTTCCTCCACCTACAGGGCTCTC CAAGAAAGTGGAGTGGGTGCCTTCATGCCCACCCCGCTGATACTATCCTCCAAAAGGAAATGGTGGAAGAACAAGGCCTGCCCGCGAGGTAAGGGCAGGGCCTGCTTCCTCCACCTACAGGGCTCTCGTGGTGAGCAGAGGGGACGAGCTGGCGGGGGTGGTCGGAACGGACCGCTCAGAGCCGCTGCGTCCCGTGATGATGTGCGTTTGTCCCTTTGTTCCTGGCTGCAGGGCGGACGGAGGAAGGACGGCGGACGCGCAGGAGCGGCGCGGTACCCCGCTGGGCAGCTCCGCGAGGTCAGCCCTGCTCGGCTGGCGCGATCCTGCGGGCGGCCGTGCCCGTCGGCGTCATGCCCTCCAGTGGCGGCCGTGTGTGCCGGCGTGCTGAACCCAGGGCAGCGGGAGCAGTGCTCCGAAGCGTTTCGTGTCTCTAGATGCAAAGGTAGTTCTGTTGCTGCCTTAGTGTCATATGCCATCCCTGGTGATGACCACTGGGTCTGATAAGCTGGCTGCTCCTGTGATCTGCGGGTTTGTTGAGCCAGCAACATAATGGCAGAGCTGTTTGGTACCTTTAGAGTCTCAGTTGCACAGTGTGCAAGTACCTCATATCTGACTCAGCAAATCAGTCCTTGCAGCACACCTGTGAGATAGTTGTGGAGTCCCAGGGACTGGGTTAATGTAACATCAGAGATGAACAGCTCATCCTGGAGCCGGAATACAGGTCTTTCTCTAATGGTGAAGGAAGAACGTGGTGTTCAGTTTGTGGGCAGATAAAGGGTTAAACATGCTCCGTGGTATGGAAGCTGAACCTTGGAATCAGGCATGTGTTTTAACTGAAGGGA 5 1 5' arm Gallus_gallus mirnest SCARNA15 6e-33 gga-mir-3540 2e-29 -33 (((....)))...((((((.(((..((((((((((.........))))).)))))..))).))))))............ (-33)