mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGCTCGGCTCGGCTCGGCTC GCTCGGCTCGGCTCGGTCGGC AGCCAGATCGCCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGTCGGCTCGCCCCT CTGGGCTGGCTGGCTGGCGGGCCAGCCAGCCAGATCGCCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTCGGTCGGCTCGCCCCTCGCCGCTCCCCTCCTCTCCAGAACGTTCGCCGCATCTGCATGGTCCCGCCCCGCGCTGGCTCTCCTGTGCAGTGCACTTTAAAAGAGCCGTGGGTCCGCCAGGCGGGCCTGCCGTGCTGACTCTGCCATGGCGCGGCTCGATTAGGTCGGCGTCAGTTGCTGCCGGCGATCTCGGGAGGAGCGTTCGATTCTTCCTCACGGAACGCGCCCGAAGCGAGTCTACTGAATCGGCTTCCAGGCGCCCCTCAGCCCACCGTGGAGCCGTCCCCAGACCCGGCTCGTGTGCTGAGCCCGCCCTGAGGAGCGAGCAGGTGCTGGGCCCGGTGCTGATTTGTGCTCTCCGTGGCTCAGAGGAACGTGCAGGATCGCTGCTGGCACAAGTTAGGGAAGGTAGACTAAGTGACTGGTGCGCTTAAGGGTTGATTATAAGTGAACTCAGGCACAACAATCTATGTGTGAGTTGATTCGACGCTCTGTTGGAACACGTGCGCAACTAGCGAGTCATGTATTTGAGGGGAAAACCACAACCTTATCTAGCTCTAGGTTAGATAAACCTTCTGCTGTGACTTCCATGGATG 4 0 5' arm Gallus_gallus mirnest 100 100 -84.1 .........(((((((.((((.((((.((((.((((.((((.((((.((((.(((.(((((.((((.((((.(((...))).)))).)))).)))))))).)))).)))).)))).)))).)))).)))).)))).)))))))........ (-84.1)