mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTAGAATAGTGCTGATGG GTTAGTGCCATGAAGTGAA TTTTATCCAAGTATTTTAATACATAGGTTGGTATTTAGAATAGTGCTGATGGAACTATGTTAGTGCCATGAAGTGAACTGTGAGGTAAAATAAGGATTAGACCCA GATGGGTTTTACTTAACATAGAAAAGATGTACCAGAAGTGATTTAGGATGGACCTTGGTACTCTGAGGATTCATCTTTGAAATTAGAAAGGTTCAGAGAACCTTTGTCATGCCCGCTAAGCCACGTTGGTGTAAGATACTGTATTGTATGGAAAGAAAAGCTTGTATATATGTGCCTTCTGCCTTCCGAGTGTACGTACAGCCTCCCAAACTTATCCAAGTCATACGTGTAGATGTGTGTAGTCATACATACAGGGGTACTTATTCCTGCAGTGCCACTGGCAAGGGCAAGAGGGCGACAGTAAAAGAGCTTTTATCCAAGTATTTTAATACATAGGTTGGTATTTAGAATAGTGCTGATGGAACTATGTTAGTGCCATGAAGTGAACTGTGAGGTAAAATAAGGATTAGACCCAATTATATACTATTTGGGAAGTGGACAAACATTTGTTAGACCTACTCACTGTTCCGATATGATATACATTGCTCTGGTAGCAGTGAACTTCTTTTGTTGAGAAGATTTAAGACAAAACTAAGATAAATGTCATTCTTCTAACATTTACAGTATGCCTTGATTTTAGGAAAATGTGAATAAAAAAAGTTACAATGAT 3 2 5' arm Branchiostoma_floridae mirnest 100 100 -21.5 (((.((((...(((((((...(((((.....(((((...((.(((((((((......))))))))).)).)))))..)))))...))))))).)))).))).... (-21.5)