mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCTGGGTGCCATCCTCCATA TGGAGGCTGGCATCCGGGCTA AGTCAACACTAGCCTGGGTGCCATCCTCCATAGTCCATACTCCATACCCAGTCTTTTCACATGCTAATGGTGGTTGAGCCGGCAGTTACTATGGAGGCTGGCATCCGGGCTAGATTTATA TCTTGATTGCACATTGTATTTTGATGTTTAACATTAAGCATTTACAAAAAAGGAAAGCAGGGAACATTACAGAATCTATGGACCACTACAATAGTCAAGTAAGGAGTTGTAAATGTGACAAGTACCCTGCCCGTTTGGCATATGTTACAATGATTGGAATGATGGTACTGTGCAGTATTTTACATTTATAGAGATACCTAGTGTCAACTTTACTTAGTAATCACTTGGAAGAAGATTTACTTTCACCATTAGGGAACAACCAGCAAGGATTGGTGGGGAAGGGATGTTGGAGCTACATGTTTTGGAAAAGACTTACTAAGTCAACACTAGCCTGGGTGCCATCCTCCATAGTCCATACTCCATACCCAGTCTTTTCACATGCTAATGGTGGTTGAGCCGGCAGTTACTATGGAGGCTGGCATCCGGGCTAGATTTATACAAATCATCCACTTGAAACATTTTGAATCCTCAACCATCTTTCCTTGTTAGTTCCATAGTCATACTAAGTCTTTGAAGAATTATGTGTACCATAAGGATATTTAGATCATTACATTTTTTGACAGAACTGGGAACGGTGGGTACTGAAAATGTAGCATGATTTTATTTACGGAAATTTTGTACATGTATTAAC 1 0 5' arm Branchiostoma_floridae mirnest 100 bfl-mir-2073 0.0004 -48.7 ........(((((((((((((((.((((((((((....(((......((.(.(((.((((.........))))..)))).)).))).)))))))))).)))))))))))))))....... (-48.7)