mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCTTTCTCTTCCTCTTCCT GAACAGCGAAGGGAAAGGGATG CTTCCACACTTCGCAATTCAATCTCTTTCTCTTCCTCTTCCTCTCTCTCTCTGTCTGTCTTTGTCGTACCTTTCCTTCATCCTCAGGGCGTTTTGTCTCATTTTGTTATTCAAGAATCCATTAAAAAAAAATGACTCGCGGTAACCAGAGGGAACGAGATCGTGAAAGGGCTCAGGCAAGAGCTGGTGGAAAGACAAAGCAGCCTAAGAATGATGGGTTGACCCCTGAACAGCGAAGGGAAAGGGATGCAAAAGCATTGCAGGAGA AACACCACTTGCACAATATTTTAGTCACCCGTCTCTCCTTCCACACTTCGCAATTCAATCTCTTTCTCTTCCTCTTCCTCTCTCTCTCTGTCTGTCTTTGTCGTACCTTTCCTTCATCCTCAGGGCGTTTTGTCTCATTTTGTTATTCAAGAATCCATTAAAAAAAAATGACTCGCGGTAACCAGAGGGAACGAGATCGTGAAAGGGCTCAGGCAAGAGCTGGTGGAAAGACAAAGCAGCCTAAGAATGATGGGTTGACCCCTGAACAGCGAAGGGAAAGGGATGCAAAAGCATTGCAGGAGAAAACGGCAAAGAAAGCAGCTCAGGCTGCAGGAGGGAATAATGCAGGTGGTGGAGGCAAAAAATAGGCAAAAATCATTGACTTGAGGAATGTAAATGGAGTGTAGACATGGGAAAAATTATATTGCTTATTATTTGTGATATGGGTTTTTGGTTTAGAGTCATCTGCTTATGTCATTTCAGAATAACTGGTGTTCTGTGAGGAGGGCATTGTTGTTGGCTTATGAACCTTTGATTTCTATATAATTTGGAATGCAATTTGTCTCTAA 3 1 5' arm Glycine_soja mirnest 100 100 -61.4 ........(((((((((...((((((((((((((((.(((.....((..((((((..((((((((...((((((.(((.(((((.((.....((((.(((((((.(((.............)))...)))))))...))))...)).)))))...))).....)))))).....))))((.((((.((......))...))))))))))..))))))..)).....))).)).))))))))))))))........))))).)))). (-61.4)